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freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren gesucht
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Autor:  wollschaf [ Di 10. Mai 2016, 06:21 ]
Betreff des Beitrags:  freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren gesucht
Hallo zusammen,
für eine etwas spezielle Anwendung suche ich einen Raw-Converter, mit dem sich bequem mehrere Bilder auf einmal bearbeiten lassen.
Hintergrund ist der, dass ein Versuch, bei dem die Fähigkeit von Tumorzellen gemessen wird, in einem Gel Kolonien zu bilden (Soft-Agar-Assay), fotografisch ausgewertet werden muss. Hier sind es immer 24 Bilder, die mit den gleichen Einstellungen nach TIFF konvertiert werden müssen. Bisher habe ich das mit meiner Pentax gemacht und die Bilder in Silkypix gruppenweise bearbeiten können (alle anwählen -> Entwicklungsparameter laden -> für jedes Bild den Zuschnitt zentrieren -> Stapelentwicklung der Auswahl). Das funktionierte schön schnell, effizient und einfach. Jetzt haben wir für unser Labor jedoch dafür eine Sony a5100 besorgt (ich hoffe, trotzdem Hilfe zu finden ;) ), mit deren Bilder das mit der Pentax mitgelieferte Sylkipix nichts anfangen kann.

Ein solch nach TIFF konvertiertes Bild schaut dann so aus - und davon dann jede Menge:
*** Der Link ist nur für Mitglieder sichtbar. Bitte registriere Dich, oder logge dich ein. ***

Anschließend werden sie in ImageJ binarisiert, die Kolonien gezählt, nach Größe aufgeschlüsselt und in ein excel-file exportiert, um die Daten auswerten zu können.

Eine komplette 24-Well-Platte schaut dann so aus (mit ImageJ montierte einzelaufnahmen der Wells)
*** Der Link ist nur für Mitglieder sichtbar. Bitte registriere Dich, oder logge dich ein. ***


Jetzt meine Frage, ob es ein Enwticklungsprogramm gibt, mit dem ich ähnlich einfach und schnell wie in Silkypix Gruppenentwicklungen vornehmen kann. Oder kann man evtl Silkypix irgendwie upgraden, dass es mit den ARW-Daten zurecht kommt?

Würde mich sehr über Antworten freuen.

Viele Grüße,
Heinrich
Autor:  mike1098 [ Di 10. Mai 2016, 06:26 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Da würde ich mal Rawtherapee versuchen.
Autor:  waldbaer59 [ Di 10. Mai 2016, 07:12 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Das geht mit Darktable, wenn man die Profileinstellungen für die Entwicklung des ersten Bildes auf andere RAW-Dateien kopiert. Danach kann man für die ganze Gruppe die Entwicklung anschieben. Es funktioniert ebenfalls mit Rawtherapee, wie oben bereits gesagt.
Autor:  chemnitzer [ Di 10. Mai 2016, 07:57 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Hallo,

für Sony Kameras gibt es doch Capture one express frei. Allerdings weiß ich nicht, welche Kameras da unterstützt werden und ob das Stapelweise verarbeiten klappt. Aber einen Versuch ist bestimmt wert.

https://www.phaseone.com/en/Products/So ... press.aspx
Autor:  califax [ Di 10. Mai 2016, 10:16 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Ah ein colony formation assay :mrgreen: Das ist voll mein Thema.

Einige Rawkonverter wurden ja schon genannt. Die kannst du mal ausprobieren. Rawtherapee gibt es für alle gänginge Betriebssysteme. Darktable gibt es für Mac und Linux.
Allerdings frage ich mich, warum du in dem Fall Raw Fotos machst und diese nach Tiff umwandelst.
Es ist schon richtig, dass man wissenschaftliche Bilder möglichst verlustfrei speichern sollte, aber in deinem Fall würde ich dann doch gleich in Jpg aufnehmen.
Das hat folgende Vorteile:
  • du musst nicht erst umständlich umkonvertieren
  • Die Dateien sind wesentlich kleiner
  • Die Bearbeitung in ImageJ läuft viel flotter
Der einzige Nachteil:
Dir gehen wenige Farb- und Helligkeitsinformationen flöten.
In deinem Fall willst du ja aber weder die Helligkeit noch die Farbe quantifizieren, von daher ist es durchaus vertretbar in jpg aufzunehmen.

Für meine colony formation assays habe ich einen Workflow mit 3 selbstgebastelten Macros in ImageJ etabliert. Wenn du Interesse hast, kann ich dir die gerne mit ein paar Anmerkungen schicken. Die Auswertung einer 24 well plate dauert damit ca. 5-10 Minuten. Davon dürfte das händische Wegcroppen des Randes ca. 4-8 Minuten dauern.
Autor:  wollschaf [ Di 10. Mai 2016, 13:54 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Vielen Dank für eure schnelle Hilfe! Da werde ich mal die genannten Konverter probieren. Mit Rawtherapee hatte ich zwar schon etwas herumgepröbelt, hatte jedoch nicht die Funktionen gefunden, die ich wollte. Scheinbar muss ich da mal etwas tiefer suchen.

@califax,
...einer vom Fach :)
Den Weg über RAW hatte ich gewählt, weil ich es so schön einfach fand, mit Silkypix alle Bilder auf einmal zuschneiden zu können und nur noch bei jedem Bild kurz nachzentrieren zu müssen. Außerdem eine kleine Farbanpassung, damit man es in ImageJ leichter hat, die Schwelle für die Binarisierung zu setzen. Und mit Macro bin ich da auf ca. 15 min/Platte gekommen. Der minimale Datenverlust kam natürlich als Entscheidungskriterium noch dazu. Nichtsdestotrotz würde mich dein Weg sehr interessieren, sodass ich dein Angebot sehr gerne annehme. Wofür hattest du denn deine Assays angesetzt? (kann man vielleicht auch per PN schreiben - interessiert wahrscheinlich nicht jeden :) )

Viele Grüße,
Heinrich
Autor:  n8igall [ Di 10. Mai 2016, 17:00 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Batch-fähig:

http://www.imagemagick.org/script/index.php

Standard Software, die z.B. in jeder Linux Distri dabei sein sollte, aber auch Windows oder OS-X Executables scheint es zu geben.

Wie gut das mit Raw-Bildern umgehen kann, weiß ich nicht. Du kannst die Bilder auch gleich in PDF oder EPS zwecks Veröffentlichung konvertieren (soweit ich mich erinnere).
Autor:  n8igall [ Di 10. Mai 2016, 17:17 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Ach ja: Die Hardcore-Variante wäre
*** Der Link ist nur für Mitglieder sichtbar. Bitte registriere Dich, oder logge dich ein. ***
. Das hat sehr viele Import-Möglichkeiten und Filter. Muss man aber in C++ programmieren, wahrscheinlich Overkill, oder :ugly: . Obwohl? Müssen die Spots automatisch detektiert und gezählt werden? Vermutlich geht so was damit.

Keine Ahnung was ein 'colony formation assay' genau ist 8-) , aber bezüglich automatisierter Auswertung hat Google hat für mich Folgendes gefunden:
*** Der Link ist nur für Mitglieder sichtbar. Bitte registriere Dich, oder logge dich ein. ***

Vielleicht hilft's ja.
Autor:  waldbaer59 [ Di 10. Mai 2016, 18:33 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Zu RawTherapee: wenn du im Editor für ein Bild die Einstellungen erarbeitet hast, kehrst du ins Bild zur Dateiverwaltung zurück. Da du das Bild bearbeitet hast, ist es mit einem grünen Haken markiert.

Auf diesem bereits bearbeiteten Bild kannst du mit der rechten Maustaste
"-> Profiloperationen -> Profil kopieren"
die durchgeführten Aktionen in die Zwischenablage befördern.

Hiernach markierst du die restlichen Bilder, auf die die Befehle angewendet werden sollen und löst mit der rechten Maustaste auf einem der markierten Bilder
"-> Profiloperationen -> Profil einfügen"
diese Aktionen aus.

Dann ab mit dem ganzen 'Kruscht' in die Warteschlange und du kannst alles 'en bloc' entwickeln.

VLG
Stephan
Autor:  wollschaf [ Mi 11. Mai 2016, 13:44 ]
Betreff des Beitrags:  Re: freeware RawConverter für gruppenweises Konvertieren ges
Danke, Stephan. Ich denke, dadurch habe ich nun einen recht brauchbaren und effizienten Weg mit RawTherapee gefunden, ähnlich zu deinem vorgeschlagenen.

Besten Dank nochmal an alle!

Viele Grüße,
Heinrich
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