Die technischen Unterschiede kann ich Dir nicht im Einzelnen nennen. Dazu gab es meinem Wissen nach hier schon einmal einen Thread. Soweit ich die entsprechenden Diskussionen in den einzelnen Foren verfolgt und noch in Erinnerung habe, sind es nicht so viele. Es scheint wohl nichts zu sein, dass einen als "Anwender" wirklich stören müsste.
Die Quintessenz der ganzen Diskussionen war, dass es letztlich Glaubenssache der einzelnen Anwender war, welches der Formate nun wirklich besser ist. Die einen haben .pef gebetet und die anderen .dng.

Ich meine, es gab auch Anwender, die der Meinung gewesen sind, es würde hinsichtlich der Bildqualität Unterschiede bestehen. Das haben andere aber vehement verneint.
Die größte Unsicherheit bei der Wahl des jeweiligen Formates bestand darin, dass niemand sagen konnte wohin nun die Reise seitens der Hersteller gehen würde: Weiterhin eigenes Format oder hin zur Vereineitlichung mit dem DNG-Format. Das war für mich auch der Grund warum ich bei PEF geblieben bin. Außerdem war es letztlich egal. Vielleicht gehe ich jetzt auf DNG. So viele Bilder im Format von Pentax habe ich noch nicht.
Was nun die Umwandlung betrifft, so bin ich mir sicher, dass Lightroom 3.6 dazu in der Lage ist. Außerdem meine ich, dass Photoshop Elements die Fähigkeit besitzt.
Während ich hier so schreibe fällt mir noch ein Argument ein: die Softwareunterstützung. Es ist natürlich klar, dass die gegenwärtig vorhandene Software mit den aktuell gültigen Formaten arbeiten kann. Es ist aber fraglich, ob dies in 5 Jahren noch möglich sein wird. Wenn Pentax zwecks Vereinheitlichung mit anderen Kameraherstellern und/ oder einer besseren Zusammenarbeit mit Adobe auf PEF verzichtet, kann es gut sein, dass es in einigen Jahren keine Software mehr gibt, die das PEF-Format unterstützt. Wahrscheinlich muss man deshalb auch zusehen, dass man sich damit auseinandersetzt, weil man nur so die Zukunftsfähigkeit seiner Daten sicherstellen kann.
Viele Grüße
Jamou