kopiere eine der Dateien, importiere diese in LR und schau was "Einstellungen überschreiben" bewirkt.
Ich vermute einfach, bei den Bildern ist ein Marker dass die Metadaten verändert wurden selbst wenn dies nicht der Fall war. Wenn meine Vermutung stimmt wäre es egal welchen Knopf Du drückst - aber wie schon chinesische Philosophen trefflich formulierten: "Versuch macht kluch"
Die Meldung hatte ich auch mal, ohne das ich wußte woher, hatte in keiner anderen Anwendung wissentlich Tags bearbeitet. Letztendlich hat Buddi wahrscheinlich recht, wenn Du die EXIFs nicht bewußt bearbeitet hast, ist es im Ergebnis egal was Du wählst. Ich hatte mich für "Einstellungen überschreiben" entschieden, da LR mein Werkzeug ist und ich dort alle Bearbeitungen ausführe.