Aktuelle Zeit: Do 18. Jul 2019, 12:51

Alle Zeiten sind UTC + 1 Stunde [ Sommerzeit ]




Ein neues Thema erstellen Auf das Thema antworten  [ 15 Beiträge ]  Gehe zu Seite 1, 2  Nächste
Autor Nachricht
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 07:21 
Offline

Registriert: Fr 26. Dez 2014, 13:18
Beiträge: 20
Hallo zusammen,
für eine etwas spezielle Anwendung suche ich einen Raw-Converter, mit dem sich bequem mehrere Bilder auf einmal bearbeiten lassen.
Hintergrund ist der, dass ein Versuch, bei dem die Fähigkeit von Tumorzellen gemessen wird, in einem Gel Kolonien zu bilden (Soft-Agar-Assay), fotografisch ausgewertet werden muss. Hier sind es immer 24 Bilder, die mit den gleichen Einstellungen nach TIFF konvertiert werden müssen. Bisher habe ich das mit meiner Pentax gemacht und die Bilder in Silkypix gruppenweise bearbeiten können (alle anwählen -> Entwicklungsparameter laden -> für jedes Bild den Zuschnitt zentrieren -> Stapelentwicklung der Auswahl). Das funktionierte schön schnell, effizient und einfach. Jetzt haben wir für unser Labor jedoch dafür eine Sony a5100 besorgt (ich hoffe, trotzdem Hilfe zu finden ;) ), mit deren Bilder das mit der Pentax mitgelieferte Sylkipix nichts anfangen kann.

Ein solch nach TIFF konvertiertes Bild schaut dann so aus - und davon dann jede Menge:

Anschließend werden sie in ImageJ binarisiert, die Kolonien gezählt, nach Größe aufgeschlüsselt und in ein excel-file exportiert, um die Daten auswerten zu können.

Eine komplette 24-Well-Platte schaut dann so aus (mit ImageJ montierte einzelaufnahmen der Wells)


Jetzt meine Frage, ob es ein Enwticklungsprogramm gibt, mit dem ich ähnlich einfach und schnell wie in Silkypix Gruppenentwicklungen vornehmen kann. Oder kann man evtl Silkypix irgendwie upgraden, dass es mit den ARW-Daten zurecht kommt?

Würde mich sehr über Antworten freuen.

Viele Grüße,
Heinrich


Nach oben
 Profil  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 07:26 
Offline
Benutzeravatar

Registriert: So 25. Jan 2015, 19:05
Beiträge: 436
Wohnort: Dasing
Da würde ich mal Rawtherapee versuchen.

_________________

Nur tote Fische schwimmen mit dem Strom - Pentax:Linux


Nach oben
 Profil Position des Users auf der Mitgliederkarte  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 08:12 
Online
KMP Team
Benutzeravatar

Registriert: So 23. Dez 2012, 00:17
Beiträge: 3057
Das geht mit Darktable, wenn man die Profileinstellungen für die Entwicklung des ersten Bildes auf andere RAW-Dateien kopiert. Danach kann man für die ganze Gruppe die Entwicklung anschieben. Es funktioniert ebenfalls mit Rawtherapee, wie oben bereits gesagt.

_________________
VLG
Stephan


Nach oben
 Profil Position des Users auf der Mitgliederkarte  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 08:57 
Offline
Benutzeravatar

Registriert: Fr 8. Feb 2013, 19:19
Beiträge: 2750
Wohnort: Chemnitz
Hallo,

für Sony Kameras gibt es doch Capture one express frei. Allerdings weiß ich nicht, welche Kameras da unterstützt werden und ob das Stapelweise verarbeiten klappt. Aber einen Versuch ist bestimmt wert.

https://www.phaseone.com/en/Products/So ... press.aspx

_________________
LG René



Kritiker sind gute Freunde, die uns auf Fehler hinweisen.(Benjamin Franklin)


Nach oben
 Profil Position des Users auf der Mitgliederkarte  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 11:16 
Offline
Benutzeravatar

Registriert: So 19. Okt 2014, 15:29
Beiträge: 1161
Wohnort: Berlin
Ah ein colony formation assay :mrgreen: Das ist voll mein Thema.

Einige Rawkonverter wurden ja schon genannt. Die kannst du mal ausprobieren. Rawtherapee gibt es für alle gänginge Betriebssysteme. Darktable gibt es für Mac und Linux.
Allerdings frage ich mich, warum du in dem Fall Raw Fotos machst und diese nach Tiff umwandelst.
Es ist schon richtig, dass man wissenschaftliche Bilder möglichst verlustfrei speichern sollte, aber in deinem Fall würde ich dann doch gleich in Jpg aufnehmen.
Das hat folgende Vorteile:
  • du musst nicht erst umständlich umkonvertieren
  • Die Dateien sind wesentlich kleiner
  • Die Bearbeitung in ImageJ läuft viel flotter
Der einzige Nachteil:
Dir gehen wenige Farb- und Helligkeitsinformationen flöten.
In deinem Fall willst du ja aber weder die Helligkeit noch die Farbe quantifizieren, von daher ist es durchaus vertretbar in jpg aufzunehmen.

Für meine colony formation assays habe ich einen Workflow mit 3 selbstgebastelten Macros in ImageJ etabliert. Wenn du Interesse hast, kann ich dir die gerne mit ein paar Anmerkungen schicken. Die Auswertung einer 24 well plate dauert damit ca. 5-10 Minuten. Davon dürfte das händische Wegcroppen des Randes ca. 4-8 Minuten dauern.

_________________



Nach oben
 Profil Position des Users auf der Mitgliederkarte  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 14:54 
Offline

Registriert: Fr 26. Dez 2014, 13:18
Beiträge: 20
Vielen Dank für eure schnelle Hilfe! Da werde ich mal die genannten Konverter probieren. Mit Rawtherapee hatte ich zwar schon etwas herumgepröbelt, hatte jedoch nicht die Funktionen gefunden, die ich wollte. Scheinbar muss ich da mal etwas tiefer suchen.

@califax,
...einer vom Fach :)
Den Weg über RAW hatte ich gewählt, weil ich es so schön einfach fand, mit Silkypix alle Bilder auf einmal zuschneiden zu können und nur noch bei jedem Bild kurz nachzentrieren zu müssen. Außerdem eine kleine Farbanpassung, damit man es in ImageJ leichter hat, die Schwelle für die Binarisierung zu setzen. Und mit Macro bin ich da auf ca. 15 min/Platte gekommen. Der minimale Datenverlust kam natürlich als Entscheidungskriterium noch dazu. Nichtsdestotrotz würde mich dein Weg sehr interessieren, sodass ich dein Angebot sehr gerne annehme. Wofür hattest du denn deine Assays angesetzt? (kann man vielleicht auch per PN schreiben - interessiert wahrscheinlich nicht jeden :) )

Viele Grüße,
Heinrich


Nach oben
 Profil  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 18:00 
Offline
Benutzeravatar

Registriert: Do 24. Jul 2014, 09:40
Beiträge: 1973
Batch-fähig:

http://www.imagemagick.org/script/index.php

Standard Software, die z.B. in jeder Linux Distri dabei sein sollte, aber auch Windows oder OS-X Executables scheint es zu geben.

Wie gut das mit Raw-Bildern umgehen kann, weiß ich nicht. Du kannst die Bilder auch gleich in PDF oder EPS zwecks Veröffentlichung konvertieren (soweit ich mich erinnere).


Nach oben
 Profil  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 18:17 
Offline
Benutzeravatar

Registriert: Do 24. Jul 2014, 09:40
Beiträge: 1973
Ach ja: Die Hardcore-Variante wäre . Das hat sehr viele Import-Möglichkeiten und Filter. Muss man aber in C++ programmieren, wahrscheinlich Overkill, oder :ugly: . Obwohl? Müssen die Spots automatisch detektiert und gezählt werden? Vermutlich geht so was damit.

Keine Ahnung was ein 'colony formation assay' genau ist 8-) , aber bezüglich automatisierter Auswertung hat Google hat für mich Folgendes gefunden:

Vielleicht hilft's ja.


Nach oben
 Profil  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Di 10. Mai 2016, 19:33 
Online
KMP Team
Benutzeravatar

Registriert: So 23. Dez 2012, 00:17
Beiträge: 3057
Zu RawTherapee: wenn du im Editor für ein Bild die Einstellungen erarbeitet hast, kehrst du ins Bild zur Dateiverwaltung zurück. Da du das Bild bearbeitet hast, ist es mit einem grünen Haken markiert.

Auf diesem bereits bearbeiteten Bild kannst du mit der rechten Maustaste
"-> Profiloperationen -> Profil kopieren"
die durchgeführten Aktionen in die Zwischenablage befördern.

Hiernach markierst du die restlichen Bilder, auf die die Befehle angewendet werden sollen und löst mit der rechten Maustaste auf einem der markierten Bilder
"-> Profiloperationen -> Profil einfügen"
diese Aktionen aus.

Dann ab mit dem ganzen 'Kruscht' in die Warteschlange und du kannst alles 'en bloc' entwickeln.

VLG
Stephan

_________________
VLG
Stephan


Nach oben
 Profil Position des Users auf der Mitgliederkarte  
Mit Zitat antworten  
BeitragVerfasst: Mi 11. Mai 2016, 14:44 
Offline

Registriert: Fr 26. Dez 2014, 13:18
Beiträge: 20
Danke, Stephan. Ich denke, dadurch habe ich nun einen recht brauchbaren und effizienten Weg mit RawTherapee gefunden, ähnlich zu deinem vorgeschlagenen.

Besten Dank nochmal an alle!

Viele Grüße,
Heinrich


Nach oben
 Profil  
Mit Zitat antworten  
Beiträge der letzten Zeit anzeigen:  Sortiere nach  
Ein neues Thema erstellen Auf das Thema antworten  [ 15 Beiträge ]  Gehe zu Seite 1, 2  Nächste

Alle Zeiten sind UTC + 1 Stunde [ Sommerzeit ]


Wer ist online?

0 Mitglieder


Ähnliche Beiträge

Gutes Tele gesucht
Forum: Kaufberatung
Autor: tux31
Antworten: 32
Instrumentalisten für Fotoprojekt gesucht
Forum: Menschen
Autor: imhotep
Antworten: 3
RAW mit Kameraeinstellungen zu JPEG konvertieren
Forum: Einsteigerbereich
Autor: Simsonius
Antworten: 5
Anbieter für kleines Fotoheft gesucht
Forum: Allgemeine Fotothemen
Autor: Marten B.
Antworten: 2
Polfilter für Pentax 24-70mm 2.8 gesucht
Forum: Zubehör
Autor: zeitlos
Antworten: 2

Du darfst keine neuen Themen in diesem Forum erstellen.
Du darfst keine Antworten zu Themen in diesem Forum erstellen.
Du darfst deine Beiträge in diesem Forum nicht ändern.
Du darfst deine Beiträge in diesem Forum nicht löschen.

Suche nach:
cron
Powered by phpBB® Forum Software © phpBB Group


Hosted by iphpbb3.com

Impressum | Datenschutz